A ministra do Mar é sócia da presidente dos portos de Lisboa, Setúbal e Sines, que ela própria nomeou em maio de 2016. Quando Ana Paula Vitorino indicou Lídia Sequeira para o cargo, a economista ainda era gerente da sua empresa, o que viola a lei em matéria de incompatibilidades e o dever de imparcialidade da ministra.
